Провозился некоторое время пытаясь понять почему мой плагин не работает при повторном вызове. Решил опубликовать этот нюанс здесь, так как на самом деле я боролся с ним уже не в первый раз.
Начиная делать плагин, я по привычке сделал инклуд в поле плагина и дальше полностью перешел на работу с подключенным файлом в IDE. Именно в подключении таилась ошибка:
include_once $modx->config['base_path'].'assets/plugins/filesource/filesource.php';
То есть код действительно отрабатывает только один раз.